Une quinzaine de réserves naturelles de montagne et  beaucoup plus si on englobe le proche piémont, œuvrent à la protection de la nature, de la faune, de la flore, du patrimoine géologique et paléontologique et plus largement à la sauvegarde de la biodiversité. Ce sont des espaces protégés qui permettent de découvrir, protéger, gérer et surtout de transmettre le patrimoine naturel.
Neuf réserves naturelles en Catalogne, dont la réserve maritime de Cerbères-Banyuls qui fut en 1974 la première du genre France ; deux dans les Pyrénées-Atlantiques dont la célèbre réserve nationale d'Ossau et sa falaise aux vautours qui depuis 1974 œuvre au sauvetage du vautour fauve dans les Pyrénées et offre au public un magnifique lieu d'observation de l'animal.
 
Classés réserve nationale, les 2 313 hectares de la réserve du Néouvielle,  en vallée d'Aure, s'étagent entre 1 800 et 3 091 m d'altitude. Elle est gérée par le Parc national des Pyrénées, et symbolisée par le pin à crochets, un arbre qui pousse jusqu'à 2 600 m, record européen !
 
Deux autres réserves, celle du Pibeste et celle d'Aulon existent dans le département des Hautes-Pyrénées.
 
En Ariège, la réserve nationale d'Orlu, créée en 1947 a un statut un peu à part, puisqu'elle est gérée par l'Office national de la chasse et de la faune sauvage.
Sur 4 248 hectares elle assure surtout la conservation de la faune : isards, marmottes, lagopèdes, grands tétras…

Dans l'Aude, derrière le nom barbare de réserve TM 71 se cache une réserve pas comme les autres, une grotte du pays de Sault qui renferme une cristallisation exceptionnelle avec des aragonites bleues et des cierges prismatiques blancs. Pour des raisons de préservation évidentes, elle n'est pas ouverte au grand public.


Par ailleurs, deux parcs naturels régionaux, celui des Pyrénées Catalanes et celui des Pyrénées Ariégeoises inauguré en 2009, apportent leur contribution à la préservation de la nature pyrénéenne, avec l'objectif d'en faire des vecteurs de développement économique.