Beaucoup de lieux, Peyrepertuse, Quéribus…, incarnent l'histoire cathare. Mais c’est à Montségur, son pog et son château, que souffle encore la fièvre de l'épopée de l'église cathare, la « Vraie Église » en opposition à l'église romaine. Ses membres revendiquent une fidélité absolue aux principes de l'Évangile, et rejettent toute les inventions postérieures de la papauté. Ils opposent l'Église de Dieu, à l'église du monde et estiment que le Royaume de Dieu n'est pas de ce monde.

Le catharisme qui secoua le Languedoc et la partie orientale des Pyrénées, court du 15 janvier 1208, date de l'assassinat du légat du pape, jusqu'au Traité de Corbeil en 1258, qui entérine, entre le roi de France Louis IX et Jacques 1er d'Aragon, le tracé de la frontière qui sera en vigueur jusqu'au Traité des Pyrénées signé en 1659.

En 1208, le pape Innocent III lance une croisade contre les hérétiques, que l'on désignait par le nom d'Albigeois, qui prospéraient sur les terres des Comtes de Toulouse. Une guerre de vingt ans débute alors. La Cité de Carcassonne, réputée imprenable tombe en 1209, et le 12 septembre 1213 l'affrontement entre les troupes royales et l'armée de Pierre II d'Aragon, se déroule à Muret. Les Méridionaux sont écrasés, le souverain d'Aragon est tué et le comte de Toulouse dépossédé de ses terres. Mais Toulouse se révolte et en janvier 1224, la victoire change de camp. Alors, le pape appelle, en 1226, à une seconde croisade conduite cette fois par le roi de France lui-même. Le Languedoc, exsangue, affaibli, doit capituler, et en 1229, Raimond VII signe le Traité de Maux, point final à la croisade contre les Albigeois. Mais ce n’est qu’avec la chute de Montségur en 1244, que l’épisode cathare s’achève réellement.