Dans son livre référence La grande flore illustrée des Pyrénées, Marcel Saule évoque plus de 4 500 espèces dont 160 endémiques. Des fleurs, mais aussi des arbres rares tel que le célèbre pin à crochets. Depuis le XVIe siècle les meilleurs botanistes, de Pierre Richer de Belleval à Augustin Pyramus de Candolle ou Picot de Lapeyrouse se sont penchés sur la flore pyrénéenne.
Le printemps venu, les Pyrénées s'habillent en une explosion de couleurs.
 
Le bleu de l'ancolie, de la vipérine,  de l'iris ou du chardon bleu des Pyrénées, tout deux endémiques ; le jaune des ficaires, genets, renoncules âcres ; le rouge des rhododendrons, des colchiques, du lys martagon ou de la joubarbe des montagnes ; le bleu de l'iris ; le pourpre de la ramonde des Pyrénées dédiée, bien sûr, à Ramond de Carbonnières.
 
Quatre-vingt deux espèces d'orchidées (sur les 150 recensées en France) sont présentes dans le massif jusqu'à 2 000 m d'altitude, dont le célèbre sabot de Vénus dont la floraison ne dure qu'une quinzaine de jours.
 
 
Installé depuis 2001 à Bagnères-de-Bigorre dans les Bains du Salut, le Conservatoire botanique national des Pyrénées et de Midi-Pyrénées dresse un inventaire permanent des plantes rares et menacées ainsi qu'une définition des priorités d'intervention en matière de conservation.



Dans une originale démarche ethnobotanique, le Conservatoire botanique travaille sur les savoirs populaires et les savoirs savants concernant par exemple les plantes messicoles, et entend ainsi œuvrer à la préservation de la biodiversité.